En años recientes, ASUR ha certificado los sistemas de gestión ambiental que tiene en cada uno de sus aeropuertos bajo el estándar ISO 14001. Los nueve aeropuertos actualmente cuentan con un certificado vigente de ISO.
Los aeropuertos de Cancún, Huatulco y Oaxaca fueron certificados en el 2006 y serán reevaluados en el 2009. Mérida recibió su certificado en el 2007 y será auditado de nuevo en el 2010. Los aeropuertos de Cozumel, Minatitlán, Tapachula, Veracruz y Villahermosa recibieron su certificación en el 2008 y serán reevaluados en el 2011.