Cuando ocurren los desastres naturales, una de las funciones más importantes de ASUR como empresa aeroportuaria es garantizar que se mantengan abiertos sus aeropuertos para permitir la entrada de los servicios de emergencia y los víveres a las zonas afectadas. Con este fin, ASUR ha invertido en una serie de medidas de seguridad y cuenta con planes de recuperación de desastres en los nueve aeropuertos que opera, para salvaguardar la continuidad de las operaciones.
Afortunadamente durante el año 2008 las regiones donde ASUR está presente no sufrieron daños a gran escala debido a los desastres naturales. Sin embargo, las defensas de la empresa fueron puestas a prueba en noviembre de 2007, cuando se inundó una gran parte del estado mexicano de Tabasco, y antes de eso en octubre de 2005 con el paso del Huracán Wilma por Cancún.
En las inundaciones de 2007, el Aeropuerto de Villahermosa (ubicado en la capital estatal de Tabasco) permaneció abierto sin interrupción, permitiendo la movilización a gran escala de los servicios de rescate mexicanos y la llegada de suministros de emergencia para la población local. Independientemente del esfuerzo nacional de ayuda humanitaria, ASUR creó un paquete de apoyo para los trabajadores del aeropuerto y sus familias, muchos de los cuales perdieron sus casas, que incluía suministros de alimentos, agua y medicinas, así como muebles y aparatos para reemplazar los que fueron arruinados por las aguas, y asistencia económica.
Cuando el Huracán Wilma tocó tierra en la costa del Caribe mexicano en 2005, con consecuencias devastadoras para el destino de Cancún, el aeropuerto de esa localidad tuvo que cerrarse durante un período relativamente corto, mientras los vientos volvían las operaciones de aterrizaje y despegue de aeronaves demasiado peligrosas. Después de escasas horas, el aeropuerto pudo restablecer operaciones limitadas para permitir los aterrizajes de aviones con víveres y personal de rescate, aunque los vuelos comerciales fueron suspendidos durante nueve días. Dos meses después del paso del huracán, ASUR anunció la decisión de adelantar la construcción de la Terminal 3 en Cancún, como medida de estímulo para la economía regional.